Waterberg ligt op een bergplateau, tussen Etosha en Windhoek. Vanwege de hoogte, meer regenval dan elders en dichtere subtropische vegetatie vormt Waterberg een sterk contrast met de rest van het land. De oudste rotslaag is 850 miljoen jaar oud en ruim 200 miljoen jaar geleden lieten dinosaurussen hun sporen hier achter.

De eerste menselijke bewoners waren de San die tot reeds 1960 volgens hun traditionele levenswijzen hier hebben gewoond. Het plateau en de 41000 hectare land werd in 1972 verklaard als natuurreservaat. Het plateau is grotendeel ontoegankelijk en verscheidene bedreigde diersoorten werden hier naar toe overgeplaatst om hen tegen roofdieren en het stropen te beschermen. Het programma was zeer succesvol en de Waterberg voorziet nu andere nationale parken in Namibië van zeldzame dieren.